Cara Membuat Pohon Filogenetik - Rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan jarak genetik menggunakan software MEGA, kebetulan saya menggunakan versi 6. Memang dalam studi filogenetik, pembuatan pohon filogenetik (Phylogenetic tree) telah umum digunakan. Biasanya data hasil sequencing yang berupa urutan nukleotida bisa dijadikan sebagai dasar untuk pendugaan jarak genetik sekaligus pohon filogenetik.


Tetapi, tidak jarang hasil-hasil penelitian dengan menggunakan metode berbeda, misalnya PCR-RFLP dimana data yang dihasilkan masih berupa fragmen-fragmen DNA agak sulit untuk menkonversinya langsung dengan bantuan software. Oleh karena itu, untuk memperoleh jarak genetik biasanya dihitung dengan cara konvensional. Jarak genetik yang dihasilkan kemudian dapat digunakan untuk MEMBUAT POHON FILOGENETI. Berikut langkah-langkahnya:


Pertama: Siapkan dulu file dengan extensi mega (.meg) yang berisi data jarak genetik yang akan kita rekonstruksi. Caranya mudah, siapkan tabel jarak genetik seperti dibawah ini:


 

Langkah kedua membuat file nya. Caranya kita cari file 'contoh'  nama filenya Hum_dist  yang sudah disediakan MEGA, dan kita edit sesuai dengan data kita, biasanya ada di data C computer pada program file. Gambar di bawah ini mungkin bisa lebih memudahkan:


 
 

Langkah ketiga, Copy file Hum_dist tadi untuk kita edit. Caranya klik kanan, open with notepad, dan akan ada tampilan seperti ini :




Tampilan yang ditandai warna merah adalah data yang akan kita edit sesuai dengan data kita. Urutan nama dan jarak genetik yang akan kita input harus sesuai dengan table data kita yang pertama tadi di nomor 1. Setelah kita edit kira-kira tampilannya akan seperti ini:




Setelah kita selesai editing, simpan file dengan ekxtensi mega (.meg) agar bisa terbaca oleh software MEGA. Caranya klik File, Save as dan beri nama misalnya Tree.meg  dan simpan di folder yang diinginkan (lokasi Foldernya harus diingat).


 

Sampai di sini kita sudah selesai membuat file yang akan kita gunakan untuk rekonstruksi pohon filogenetik dengan MEGA.


Buka program MEGA. Klik Phylogeny, Construct/Test UPGMA tree

 

Silahkan cari file Tree.meg yang sudah dibuat tadi dan Open.



Program akan memproses, kemudian klik Compute.

 


Selesai, kita telah berhasil membuat pohon filogenetik menggunakan sofware berdasarkan jarak genetik yang kita miliki. Tampilannya kira-kira seperti ini:



Demikianlah cara rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA berdasarkan jarak genetic. Semoga bisa membantu dan semoga bermanfaat. Jika ksulitan dalam mengikuti langkah diatas, dapat juga menhubungi admin untuk dibuatkan. :)